Newer
Older
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
function [gdat_data_out] = gdat2time_out(gdat_data_in,option,others_as_data,varargin);
%
% function [gdat_data_out] = gdat2time_out(gdat_data_in,time_out,option,gdat_timedim,varargin);
%
% Aim: Reduce data output to desired time interval or compute values at desired time_instances
%
% Inputs:
% gdat_data_in: gdat_data structure
% option: 1: standard .data, .t, .dim{gdat_timedim} to be changed
% 21, 22: deal with grids_1d as well: 21 with rhopol 1D, 22 with rhopol 2D
%
% others_as_data: {'field1','field2',...} other fields gdat_data_in.(others_as_data{i}) to be treated as .data
%
% Inferred/necessary inputs:
% gdat_data_in.gdat_params.time_out: time interval [t1,t2] or list of times to get output
% gdat_data_in.mapping_for.(gdat_data_in.gdat_params.machine).gdat_timedim: dim of time
%
% Outputs:
% gdat_data_out: with reduced data
%
gdat_data_out = gdat_data_in;
if isempty(gdat_data_in) || isempty(gdat_data_in.t) || ~isnumeric(gdat_data_in.data) || ~isnumeric(gdat_data_in.t)
return
end
if ~exist('option') || isempty(option)
option = 1;
end
iothers_as_data = false;
others_as_data_eff = '';
if exist('others_as_data') && ~isempty(others_as_data) && iscell(others_as_data)
others_as_data_eff = others_as_data;
iothers_as_data = true;
end
try
dim_time = gdat_data_in.mapping_for.(gdat_data_in.gdat_params.machine).gdat_timedim;
catch ME
try
getReport(ME)
error(['expect gdat_timedim in mapping_for.' gdat_data_in.gdat_params.machine ' from data_request: ' gdat_data_in.gdat_request]);
catch ME2
getReport(ME2)
error(['expect gdat_timedim in mapping_for.machine fro data_request']);
end
end
try
time_out = sort(gdat_data_in.gdat_params.time_out);
catch ME
getReport(ME)
error(['expect gdat_data_in.gdat_params.time_out'])
end
gdat_data_out = gdat_data_in;
if any(option == [1, 21, 22])
if numel(time_out) == 2
% time interval provided, take all existing time points within this interval
ij = [gdat_data_out.t>=time_out(1) & gdat_data_out.t<=time_out(2)];
gdat_data_out.t = gdat_data_out.t(ij);
if isfield(gdat_data_out,'dim'); gdat_data_out.dim{dim_time} = gdat_data_out.t; end
nbdims = numel(size(gdat_data_out.data));
nbdims_eff = nbdims;
if nbdims==2 && any(size(gdat_data_out.data)==1)
nbdims_eff = 1;
end
switch nbdims_eff
case 1
gdat_data_out.data = gdat_data_out.data(ij);
if iothers_as_data
for j=1:length(others_as_data_eff)
eval(['gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} ' = gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} '(ij);']);
end
end
case 2
if dim_time ==1
gdat_data_out.data = gdat_data_out.data(ij,:);
if iothers_as_data
for j=1:length(others_as_data_eff)
eval(['atmp = gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} ';']);
if ~iscell(atmp)
eval(['gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} ' = gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} '(ij,:);']);
else
eval(['gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} '{1} = gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} '{1}(ij);']);
end
end
end
else
gdat_data_out.data = gdat_data_out.data(:,ij);
if iothers_as_data
for j=1:length(others_as_data_eff)
eval(['atmp = gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} ';']);
if ~iscell(atmp)
eval(['gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} ' = gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} '(:,ij);']);
else
eval(['gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} '{2} = gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} '{2}(ij);']);
end
end
end
end
case 3
if dim_time == 1
gdat_data_out.data = gdat_data_out.data(ij,:,:);
if iothers_as_data
for j=1:length(others_as_data_eff)
eval(['atmp = gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} ';']);
if ~iscell(atmp)
eval(['gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} ' = gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} '(ij,:,:);']);
else
eval(['gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} '{1} = gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} '{1}(ij);']);
end
end
end
elseif dim_time == 2
gdat_data_out.data = gdat_data_out.data(:,ij,:);
if iothers_as_data
for j=1:length(others_as_data_eff)
eval(['atmp = gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} ';']);
if ~iscell(atmp)
eval(['gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} ' = gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} '(:,ij,:);']);
else
eval(['gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} '{2} = gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} '{2}(ij);']);
end
end
end
else
gdat_data_out.data = gdat_data_out.data(:,:,ij);
if iothers_as_data
for j=1:length(others_as_data_eff)
eval(['atmp = gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} ';']);
if ~iscell(atmp)
eval(['gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} ' = gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} '(:,:,ij);']);
else
eval(['gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} '{3} = gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} '{3}(ij);']);
end
end
end
end
otherwise
warning(['nbdims_eff = ' num2str(nbdims_eff) ' not yet defined in gdat2time_out, ask O. Sauter if needed']);
end
else
% Assume 1 or several (>2) time points are requested. Interpolate to get data at these time instances specifically
% default time_out_interp='linear', will implement {'interpos','tension','option',..} later when needed
% time interval provided, take all existing time points within this interval
ij = iround_os(gdat_data_out.t,time_out);
gdat_data_out.t = time_out;
if isfield(gdat_data_out,'dim'); gdat_data_out.dim{dim_time} = gdat_data_out.t; end
nbdims = numel(size(gdat_data_out.data));
nbdims_eff = nbdims;
if nbdims==2 && any(size(gdat_data_out.data)==1)
nbdims_eff = 1;
end
switch nbdims_eff
case 1
gdat_data_out.data = interp1(gdat_data_in.t,gdat_data_in.data,gdat_data_out.t);
if iothers_as_data
for j=1:length(others_as_data_eff)
eval(['gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} ' = interp1(gdat_data_in.t,gdat_data_in.' others_as_data_eff{j} ',gdat_data_out.t);']);
end
end
case 2
len_t = numel(ij);
if dim_time ==1
gdat_data_out.data = NaN*ones(len_t,size(gdat_data_out.data,2));
for ix=1:size(gdat_data_out.data,2)
gdat_data_out.data([1:len_t],ix) = interp1(gdat_data_in.t,gdat_data_in.data(:,ix),gdat_data_out.t);
end
if iothers_as_data
for j=1:length(others_as_data_eff)
eval(['gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} ' = NaN*ones(len_t,size(gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} ',2));']);
end
for j=1:length(others_as_data_eff)
ix_len = eval(['size(gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} ',2);']);
for ix=1:ix_len
eval(['gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} '([1:len_t],ix) = interp1(gdat_data_in.t,gdat_data_in.' others_as_data_eff{j} '(:,ix),gdat_data_out.t);']);
end
end
end
else
gdat_data_out.data = NaN*ones(size(gdat_data_out.data,1),len_t);
for ix=1:size(gdat_data_out.data,1)
gdat_data_out.data(ix,[1:len_t]) = interp1(gdat_data_in.t,gdat_data_in.data(ix,:),gdat_data_out.t);
end
if iothers_as_data
for j=1:length(others_as_data_eff)
eval(['gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} ' = NaN*ones(size(gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} ',1),len_t);']);
end
for j=1:length(others_as_data_eff)
ix_len = eval(['size(gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} ',1);']);
for ix=1:ix_len
eval(['gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} '(ix,[1:len_t]) = interp1(gdat_data_in.t,gdat_data_in.' others_as_data_eff{j} '(ix,:),gdat_data_out.t);']);
end
end
end
end
case 3
len_t = numel(ij);
if dim_time == 1
gdat_data_out.data = NaN*ones(len_t,size(gdat_data_out.data,2),size(gdat_data_out.data,3));
for ix=1:size(gdat_data_out.data,2)
for jy=1:size(gdat_data_out.data,3)
gdat_data_out.data([1:len_t],ix,jy) = interp1(gdat_data_in.t,gdat_data_in.data(:,ix,jy),gdat_data_out.t);
end
end
if iothers_as_data
for j=1:length(others_as_data_eff)
eval(['gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} ' = NaN*ones(len_t,size(gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} ...
',2),size(gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} ',3));']);
end
for j=1:length(others_as_data_eff)
ix_len = eval(['size(gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} ',2);']);
jy_len = eval(['size(gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} ',3);']);
for ix=1:ix_len
for jy=1:jy_len
eval(['gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} '([1:len_t],ix,jy) = interp1(gdat_data_in.t,gdat_data_in.' others_as_data_eff{j} '(:,ix,jy),gdat_data_out.t);']);
end
end
end
end
elseif dim_time == 2
gdat_data_out.data = NaN*ones(size(gdat_data_out.data,1),len_t,size(gdat_data_out.data,3));
for ix=1:size(gdat_data_out.data,1)
for jy=1:size(gdat_data_out.data,3)
gdat_data_out.data(ix,[1:len_t],jy) = interp1(gdat_data_in.t,gdat_data_in.data(ix,:,jy),gdat_data_out.t);
end
end
if iothers_as_data
for j=1:length(others_as_data_eff)
eval(['gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} ' = NaN*ones(size(gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} ...
',1),len_t,size(gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} ',3));']);
end
for j=1:length(others_as_data_eff)
ix_len = eval(['size(gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} ',1);']);
jy_len = eval(['size(gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} ',3);']);
for ix=1:ix_len
for jy=1:jy_len
eval(['gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} '(ix,[1:len_t],jy) = interp1(gdat_data_in.t,gdat_data_in.' others_as_data_eff{j} '(ix,:,jy),gdat_data_out.t);']);
end
end
end
end
else
gdat_data_out.data = NaN*ones(size(gdat_data_out.data,1),size(gdat_data_out.data,2),len_t);
for ix=1:size(gdat_data_out.data,1)
for jy=1:size(gdat_data_out.data,2)
gdat_data_out.data(ix,jy,[1:len_t]) = interp1(gdat_data_in.t,gdat_data_in.data(ix,jy,:),gdat_data_out.t);
end
end
if iothers_as_data
for j=1:length(others_as_data_eff)
eval(['gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} ' = NaN*ones(size(gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} ...
',1),size(gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} ',2),len_t);']);
end
for j=1:length(others_as_data_eff)
ix_len = eval(['size(gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} ',1);']);
jy_len = eval(['size(gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} ',2);']);
for ix=1:ix_len
for jy=1:jy_len
eval(['gdat_data_out.' others_as_data_eff{j} '(ix,jy,[1:len_t]) = interp1(gdat_data_in.t,gdat_data_in.' others_as_data_eff{j} '(ix,jy,:),gdat_data_out.t);']);
end
end
end
end
end
otherwise
warning(['nbdims_eff = ' num2str(nbdims_eff) ' not yet defined in gdat2time_out, ask O. Sauter if needed']);
end
end
else
error(['option = ' num2str(option) ' not yet implemented'])
end
if any(option==[21,22])
% add extra fields then correct
ab_tmp_rho = gdat_data_out.grids_1d;
ab_tmp_rho.data = gdat_data_out.grids_1d.rhotornorm; ab_tmp_rho.t = gdat_data_out.t;
ab_tmp_rho.gdat_params = gdat_data_out.gdat_params; ab_tmp_rho.mapping_for = gdat_data_out.mapping_for;
extra_fields = {'psi','rhotornorm','rhovolnorm','rhopolnorm_equil','rhotornorm_equil', ...
'rhovolnorm_equil','rhotor_edge','volume_edge','b0'};
if option==22; extra_fields{end+1} = 'rhopolnorm'; end
[ab_tmp_rho] = gdat2time_out(ab_tmp_rho,1,extra_fields);
gdat_data_out.grids_1d = rmfield(ab_tmp_rho,{'data','t','gdat_params','mapping_for'});
end